Zajmujemy się identyfikacją modyfikacji potranslacyjnych takich jak deamidacja (Investigation of asparagine deamidation in a SOD1-based biosynthetic human insulin precursor by MALDI-TOF mass spectrometry), acetylacja (Isolation and Characterization of Acetylated Derivative of Recombinant Insulin Lispro Produced in Escherichia coli), formylacja itp.

Identyfikacji i lokalizacji modyfikacji potranslacyjnych dokonujemy bazując na analizie MS/MS peptydów powstałych w wyniku proteolizy badanego białka z wykorzystaniem dedykowanego enzymu (np.: trypsyna, Glu-C, Lys-C, Asp-N). Proces prowadzony jest w oparciu o przeszukiwanie baz danych sekwencji białkowych z użyciem systemu MASCOT®. Przed przystąpieniem do trawienia, mostki dwusiarczkowe w białkach zazwyczaj poddawane są redukcji i alkilacji. Do symulacji widm fragmentacyjnych modyfikowanych peptydów wykorzystywany jest program GPMAW (Lighthouse data).

Modyfikacje potranslacyjne (PTMs)

Kontakt

dr Dorota Stadnik
tel. +48 22 37 86 155
stadnikd@iba.waw.pl

p

dr Anna Bierczyńska-Krzysik
tel. +48 22 37 86 232
bierczynskaa@iba.waw.pl

p

mgr inż. Piotr Baran
tel. +48 22 37 86 232
baranp@iba.waw.pl